酶底物法是檢測大腸菌群檢測的新方法，因為酶底物法檢測儀器一次能夠檢測100毫升的水樣，準確找到水樣中的活性大腸桿菌群和大腸埃希氏菌，而且還無需驗證，準確性高于濾膜法及多管發酵法。

酶底物法檢測儀器是采用大腸桿菌產生β-半乳糖苷酶分解色源底物-ONPG(Ortho-nitrophenyl-β-D-galactopyranoside) 使培養液呈黃色。大腸埃希氏菌產生β-葡萄糖醛酸酶（β-glucuronidase）分解MUG（4 - methyl-umbelliferyl-β-glucuronide）使培養液在波長366 nm 紫外光下產生熒光的原理,來定性定量水中總大腸菌群、糞大腸菌群（耐熱大腸菌群）及大腸埃希氏菌。

酶底物法是國際上普遍采用的檢測方法，而且還方便快捷，縮短檢測時間，在應急監測中能及時報出數據。

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